Le 10 mars 1893, les « Rivières du sud » cessent complètement de dépendre du Sénégal et prennent le nom de Guinée française, William Ponty devient le gouverner général de l’A.O.F. Le docteur Noël Ballay fut le premier gouverneur titulaire de la Guinée français par le décret du 22 décembre 1891. Il choisit l’île de Tombo comme capitale de la Guinée.

Cette île avait été soustraite à l’influence anglaise par les Français en 1889, le 6 février 1897, le Fouta-Djallon est rattaché à la colonie des « Rivières du Sud ». En 1904, les îles de Loos furent cédées à la France par les Anglais. Conakry, capitale de la Guinée français fut construite dans léîle de Tombo en 1889.

En 1900 commença la construction du chemin de fer Conakry-Kankan. Celui atteignit Mamou en 1908. Kouroussa en 1910 et Kankan en 1914.

En Basse-Guinée, les Français créèrent des plantations de bananes et d’ananas, et en Guinée forestière des plantations de café.